细鳞鱼(Brachymystax lenok)和秦岭细鳞鱼(Brachymystax lenok tsinlingensis),均隶属于鲑形目(Salmoniformes),鲑科(Salmonidae),鲑亚科(Salmoninae),细鳞鱼属(Brachymystax)。秦岭细鳞鱼是细鳞鱼的一个亚种,为我国特有种,国家二级保护动物。目前细鳞鱼和秦岭细鳞鱼研究主要集中在资源调查、地理分布、生物学特征和生态习性等方面,而分子方面的研究极少涉及。为了进一步补充鲑亚科鱼类的线粒体基因组数据,并从线粒体基因组上分析细鳞鱼和秦岭细鳞鱼的亲缘关系。我们通过引物步移法测定了细鳞鱼和秦岭细鳞鱼的线粒体全基因组。细鳞鱼和秦岭细鳞鱼线粒体基因组全长分别为16,832 bp和16,669 bp。两个线粒体基因组中基因的排列,碱基组成和tRNA的二级结构,与大部分的硬骨鱼的是一致的。细鳞鱼和秦岭细鳞鱼线粒体基因组核苷酸序列的同源性为98.3%。通过两个细鳞鱼的线粒体基因组比较分析,我们发现它们线粒体基因的排布,组成和长度是相同的并且具有相等的A+T含量。同其他的淡水鲑科鱼类一样,在细鳞鱼和秦岭细鳞鱼的线粒体控制区也存在单碱基T微卫星和相似类型的82bp串联重复序列。依据重链编码的12个蛋白质基因计算出细鳞鱼和秦岭细鳞鱼两者之间的遗传距离为2.1%,显示了两者之间存在较近的亲缘关系。