柑橘黄化脉明病毒(Citrus,yellow clearing vein virus,CYVCV)是近些年在我国新发生的-种RNA病毒,在柠檬植株上可引起明显的黄斑、脉明和叶片畸形等症状,严重影响柠檬植株的生长。为明确该病毒侵染对寄主植物基因表达及相关的生理代谢影响,本研究以柠檬1年生实生苗为寄主植物,对嫁接接种CYVCV的柠檬植株叶片和模拟接种的柠檬植株叶片分别进行转录组测序,以甜橙基因组作为参考进行序列比对,分别获得33 911 975和24 792 524条读长的序列。与模拟接种的无毒柠檬样品相比,CYVCV侵染的柠檬样品中共有1 316个差异表达基因,上调和下调表达基因分别为679个和637个。对差异表达基因进行功能注释,注释到GO数据库的差异表达基因共1 114个,注释到KEGG数据库的共453个。KEGG通路分析结果表明:这些基因可注释到的通路有5类,其中代谢通路所占比例最大,为377个,其他通路分别有12个、11个、39个和14个。KEGG富集分析显示,光合作用、叶绿素生物合成与代谢、碳代谢、光合作用中的碳固定等代谢途径受到显著影响,共有68个差异表达基因注释到光合作用、叶绿素生物合成与代谢、植物病原互作途径,推测这些代谢途径的基因表达变化可能与柠檬受CYVCV侵染后叶片表现的叶片褪绿及黄化等症状相关。选取涉及4个代谢通路的11个差异表达较明显的基因进行qRT-PCR验证,确认这些基因的表达变化与测序结果-致,但存在时间动态的变化。本研究为深入探讨CYVCV与柠檬植株的互作提供了重要参考信息。