生物标记化合物是在沉积物或者原油中指示有机质来源的有机化合物，由于相对稳定性，常被用来恢复或者重建有机质聚集的沉积环境.通过对准噶尔盆地南缘地区中二叠统芦草沟组油页岩生物标志化合物特征进行研究发现：芦草沟组油页岩中的无环异戊间二烯类化合物和多环链烃支配链烃，且OPE指数一般在1.0-1.9之间，显示了油页岩低熟特征.Pr/Ph比值在1.1-2.1之间，说明油页岩沉积时期相对还原的沉积环境.而C34和C35升藿烷在油页岩抽提物中的含量较低，这是沉积水体咸化的结果.萜烷系列化合物主要以三环萜烷和五环萜烷为主，四环萜烷含量较小，说明芦草沟组内水体盐度逐渐减小.此外，γ-蜡烷的丰度在垂向上呈现不断减小的趋势，也说明了芦草沟组沉积期湖泊水体盐度逐渐减小.而规则甾烷C29>C27≥C28的碳数分布特征说明芦草沟组中藻类等低等生物的输入量增加，湖泊内源生产力的贡献逐渐增强.通过上述分析可知，准南地区芦草沟组中油页岩主要形成于以湖泊内源有机质为主的咸水湖泊环境，其中大量的内源湖泊有机质在咸水分层的条件下得到保存，从而形成有机质丰富的油页岩.此外，在地史过程中油页岩经历热演化影响较小，成熟度较低.