功能磁共振成像技术用于针刺疗效的机制研究，对于穴位与脑相关部位间特异性联系的发现是对传统经穴-脏腑相关理论的有力佐证，为针刺对脑功能效应的研究奠定了一定的理论基础。论述了人体的生理、病理、诊断和防病治病原则。运用现代影像技术的发展为人们提供了一种可以无创、实时、活体的反映针刺过程中的人体功能变化的观察手段。但目前仍存在一些问题:(1)功能磁共振成像本身仍存在着许多技术上的不完善，如图像运动伪影、噪声及磁场不均匀引起的图像质量问题等。(2)志愿者的观察时的情绪、思维及肢体动作等个体差异、“得气”为志愿者的主观体验等等都对实验结果有着或多或少的影响。(3)针刺的时间长短及强度以及针刺的深浅等对实验结果有着极大的的影响。(4)穴位的选择多而且杂乱，如何针对不同的患者选取最优的标准穴位配伍，是一项繁杂而又浩瀚的工作。(5)没有一套规范的实验设计方法，很难在同一个水平上进行实验结果的比较。因此，应用功能磁共振研究针刺机制必须要建立设计一套符合针灸学理论，科学、严谨的方法，进行综合分析，最终使针灸更好的治疗各种疾病为全人类做出更大的贡献。