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转型时期，以地方保护和市场分割为主要表现形式的地区性行政垄断扭曲了投入一产出关系，降低了资源配置效率，从而损害产业效率。本文以转型时期的中国制造业为例，通过构建产业受保护程度指数和产业效率指数等主要变量，实证分析了地方保护、市场分割等地区性行政垄断对产业效率的影响。实证分析结果表明，产业受保护程度与产业效率之间是负相关关系，产业受保护程度越高，产业效率越低。这就说明，地方保护和市场分割等地区性行政垄断行为导致了制造业产业效率损失。打破地区性行政垄断、形成全国统一大市场，有利于企业长远发展和产业效率的提升。