中国地大物博、幅员辽阔,拥有丰富的鸡种遗传资源。由于中国地方鸡种生产性能相对较低,很难与国内外家禽公司育成的商业品种竞争,现存数目较少,有些已经濒临灭绝。为了进一步了解中国地方鸡品种的遗传多样性状况,本研究采集来分布于中国各地的78个地方鸡品种的血样,并利用分布于13条染色体上27个微卫星标记进行了分析。通过对总共2740个个体的检测分析,在所有27个微卫星座位中,等位基因数从6到51个不等,平均值为18.74。所检测的78个品种的杂合度(H)均在0.5以上,所有品种的平均杂合度值为0.622,多态信息含量(PIC)平均值为0.573。这一结果表明,与国外的同类研究相比,中国的地方鸡品种具有更加广泛的遗传多样性。在27个微卫星座位中,总群内亚群的固定系数(FST)从0.065(LEI0166)到0.209(MCW0078)不等,平均值为0.106。在检测的位点中,只有LEI0194位点在所有的群体中均偏离了Hardy-Weinberg平衡(HWE),而其它位点基本上都处于Hardy-Wein-berg平衡状态。由于小群体中的基因漂移及非随机交配,一些在保种场保存的地方品种(如狼山鸡等)的杂合度相对较低,而在保种区的品种由于保种群群体较大,杂合度也就相对较高。中国地方鸡品种的高杂合度与其表型多样性是一致的。通过Nei氏遗传距离和邻接法将中国地方鸡种进行聚类,结果表明,中国地方鸡品种可以分为六大类,分类结果与品种的地理分布基本一致。本实验通过分子生物学手段分析了中国地方鸡品种的遗传多样性,这将对中国地方鸡品种的利用和保护提供重要的理论依据。