岩羊Pseudois nayaur是广泛分布于青藏高原及其周边山脉中的野生有蹄类动物,分类学上属于鲸偶蹄目Cetartiodactyla、牛科Bovidae、岩羊属Pseudois。本文在在岩羊的亲缘地理和亚种分化取得重大进展,填补了对于西藏地区岩羊在分子水平上研究的空白后,提出新的关于岩羊种下分类的有效建议。通过采用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)、控制区序列(D-loop)和细胞色素氧化酶Ⅰ基因(COⅠ)三个分子标记,构建Cyt b和D-loop序列的系统进化树后,对岩羊的种群结构和遗传多样性、矮岩羊的系统进化位置和分类地位进行深入的探讨。发现西藏山南地区乃东县的样品和其他样品的线粒体DNA存在明显差异,单独聚为一支,支持了形态学分类上西藏亚种的说法。同时通过系统进化树发现,贺兰山岩羊有可能已经进化为岩羊西藏、四川两亚种之外的一个新的亚种。对于矮岩羊分类地位的研究,认为矮岩羊在系统发育树上并不能直接聚为一个单系群,因此不宜将其划为一个独立的种或亚种,应作为四川亚种中一个形态变异的特殊种群来对待。以上研究对于四川西部作为第四纪冰川时期生物避难所这一推测给出了有力的支持,也进一步说明了横断山脉对于物种分化的影响。