院系作为高校的基层组织,其办学质量反映了一所高校的整体发展水平,对院系工作绩效进行科学评估是高校管理工作的重要组成部分.借鉴价值管理理论和方法探讨高校院系绩效评估工作,对高校院系的功能和成本进行界定,构建高校院系绩效评估的价值管理模型,并对南京某高校内部院系的绩效进行实例分析,根据评估结果提出该校院系绩效价值提升的建议方案，即1号通信与信息工程学院的功能与成本是匹配得最合理、最优的，该学院也是所选取高校里发展最为成熟的一个学院，对于这个院系暂且不做调整，维持好现在的功能与成本匹配情况，保持良好的发展态势。2号电子科学与工程学院、3号光电工程学院、6号材料科学与工程学院、7号理学院、10号经济与管理学院、11号人文与社会科学学院、12号外国语学院偏离合理范围较小。其中2号电子科学与工程学院稍有功能过剩，要适当地增加一些成本投入以免功能退化。6号材料科学与工程学院和7号理学院介于合理范围内，虽然设有像1号那样最为优秀，但其绩效成绩也是值得肯定的。3号光电工程学院、10号经济与管理学院、11号人文与社会科学学院、12号外国语学院的功能稍有欠缺，这些学院要认真对照4个一级指标的完成情况找到薄弱环节，尽快弥补功能欠缺，以期达到功能与成本的匹配。4号计算机（软件）学院、5号自动化学院、8号地理与生物信息学院、9号传媒与艺术学院偏离合理范围稍远。其中4号计算机（软件）学院、5号自动化学院、8号地理与生物信息学院功能过剩较严重，这几个学院都是该校具有发展潜力和办学特色的学院，参照它们各自的功能成本投入情况，该校可以加大对这些院系的人财物投入，以促使其保持良好的发展势头。该校对9号传媒与艺术学院的成本投入是比较多的，但是其功能产出相对较少，这与该院系的自身特点有关系．要想提升该院系的绩效价值，一方面要合理优化该院系人财物的资源配置，严格控制成本开支；另一方面要加大该院的师资培养、学科建设力度，可以适当增加人力资源的培养成本以提高教师队伍的素质，加强学位点建设，重视科研究成果获奖，进而带来更多业绩的增加。对于13号教育科学与技术学院，要给予最大的重视，该院的价值系数为1.939，说明该校对该学院的成本投入是最少的，但其功能排名却不是最后的，对于成本投入利用得比较好，创造了很高的功能产出。在这种情况下，应该大大地加大对该院系的人财物投入。由于该学院对于物力资源的要求并不像其他学院那么高，故在财力资源的投入上加大对该院系的教学科研经费拨款，同时加大对专业和学科建设的经费投入，激励该院系保持现有的运行态势，使之进入良性和可持续发展的轨道。