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眼部的不适或疼痛是否见于机体其他慢性疾病在眼部的表现，或者见于眼表受到损伤，以及术后急性反应，这是一个具有争议的临床问题。本文分析眼表及角膜疼痛的病理生理学，描述疼痛过程，眼表及角膜的炎症反应、神经性疼痛。依据上述提到的病理生理学，通过对PRK术后疼痛观察，以及对角膜基底部神经丛密度与疼痛的研究(Confoscan study)，阐述准分子激光矫正(表面切削)术后对疼痛的控制。将干眼定义为慢性疼痛综合征。同时简单介绍转化研究以及蛋白质组学，期待它们揭开谜团。