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中西医学具有各自的特点，中医理论重理性思辨，是基质恒定不变的封闭式结构。实践证明二者难以沟通，中医要发展必须在方法论上所有突破，使其成为一个开放的理论体系，能吸收现代科学知识，并发挥其整体论研究思路的优势。中医理论包含了许多系统论思想，并从阴阳、五行、诊治、方药等方面具体论述了如何把中医理论与系统论统一起来。"阴平阳秘"与系统论之耗散结构理论相一致，五行学说的内容接近"协同"、"反馈"、"信息"等概念，与现代系统论不谋而合，中医的一些诊疗方法体现了系统论的调节方法，中药方剂也贯穿了系统论的思想，系统论是统一中西医的桥梁，建立并发展中医系统论是研究和发展中医方法论的根本任务。