本研究从农田土壤中，利用高通量靶标菌抗真菌及其抗南方根结线虫功能筛选技术，分离得到多株可拮抗植物病原真菌及毒杀植物线虫的菌株200余株。通过高效菌株筛选和基因工程菌构建技术，选育高效菌株8株。对这些高效拮抗土传真菌病害和南方根结线虫菌株功能及其培养条件进行了系统研究。针对不同作物病害，基于综合技术，根据防治结合、功能互补、微生物共生的原理，分别在实验室和温室内，将这些高效菌株进行复配，同时辅以具有拮抗功能的辅助因子，制备成可应用于果蔬真菌病害同时具有拮抗根结线虫功能的生防菌剂“根克清”。该菌剂在小区试验中具有防治土传根腐病、蔬果根结线虫及其作物连做障碍的多种功能，并分别进行了防治红树墓灰霉病、黄瓜根结线虫及枯萎病、大豆根腐病，西红柿连做障碍的田间试验。结果表明，“根克清”生防菌剂对黄瓜根结线虫病和枯萎病的防效分别为72.3％. 70.0％，黄瓜产量比对照组提高18.1％。对番茄根结线虫和青枯病的防效分别达到73.1％和69.3％。多功能生物肥对大豆根腐病的防效为81.7％，大豆产量比对照组提高11.3％，该研究对于减少化学农药的使用量，促进农业的可持续发展具有重要意义。