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余云岫由于其废止中医的言论,在近代中国医学史上颇受争议。但他在医学史领域所做的研究有着重要意义,具体表现在他对医学史和医史学的认识、疾病史研究、本草历史文献整理与中医基础理论研究,以及对医史学会和《医史杂志》所做的工作等方面。其中尤以疾病史研究为要,《古代疾病名候疏义》一书至今仍有着重要的参考价值。