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目的:了解2010～2011年大连地区重症手足口病病原学和流行特征,为手足口病防治提供科学依据.方法:对401例手足口病合并中枢神经系统感染患儿留取粪便或咽拭子进行病毒核酸检测.结果:401例患儿中285例肠道病毒通用引物检测阳性,阳性率71.07％,EV71阳性230例,阳性率为57.36％; CA16阳性1例,阳性率为0.25％;其它肠道病毒阳性为54例,阳性率为13.47％.2010年和2011年EV71阳性率分别为72.34％和21.84％,两者差异有显著性意义.4岁以下婴幼儿病毒检出率高.这两年每年的7、8月份发病率高.结论:大连地区重症手足口病病原以EV71为主,但随年份不同感染率有差异.流行季节以夏季为主,重点防控人群应为4岁以下婴幼儿.