文章介绍了幽门螺杆菌的全基因组，现已了解到H.pylori具有明显的遗传变异性、基因表达并与临床结果相关联。菌株之间不同的遗传学基因表达向人们展示了微生物对环境和生长的复杂反应。已有研究者探讨了胃上皮细胞对H.pylori感染的整个转录反应。这些研究报道了基因表达的改变绝大多数与以下几个方面有关:转录功能、转录信号、细胞周期调控和分化、发展因子、细胞增殖和凋亡的平衡、膜蛋白的表达以及炎症反应。并就其结构、耐酸性、定殖、黏附、致病性进行了探讨，微阵列表达谱、数据挖掘和统计学工具为从基因组规模上研究细菌致病性提供了契机。从生长在模拟宿主微环境的细菌中获得的表达谱描绘了相互作用的代谢路径和多级发展程序，也揭示出了调控网络。基于微阵列的比较基因组学对相互联系的菌株和物种的分析提供了一种评估自然人群中遗传性改变的方法，并且鉴定病原体和共生物之间的区别。