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对传统分类学家来说，兼具父母双方性状特征的自然杂交种的出现会模糊自然物种之间的界限;对系统生物学家来说，完美的生命之树会因为杂交而成为杂乱无章的生命之网;而对保护生物学家来说，自然杂交种介导的渐渗或回交会侵蚀物种的纯粹性。对自然杂交后代的命运已有很多讨论，虽然现实中大部分杂交后代为自然界所淘汰，但是杂交仍然是物种形成机制中不可忽视的因素。生殖隔离是保持物种独立性的基础，而自然杂交则会打破这道屏障而模糊物种的边界。