【摘 要】
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以HIV-1蛋白酶和F1-ATPase为研究对象,采用双势阱力场构建蛋白质分子的粗粒化模型.采用该粗粒化模型,模拟了两个系统蛋白质分子长时间尺度的动力学特性,并研究了配体分子(如药物分子、ATP分子)与蛋白质分子的结合过程.结果显示配体分子的大小、拓扑结构以及相互作用的强度对配体分子与受体分子相结合的动力学过程有重要影响.
【机 构】
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北京理工大学宇航学院生物力学与生物材料实验室,北京100081
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以HIV-1蛋白酶和F1-ATPase为研究对象,采用双势阱力场构建蛋白质分子的粗粒化模型.采用该粗粒化模型,模拟了两个系统蛋白质分子长时间尺度的动力学特性,并研究了配体分子(如药物分子、ATP分子)与蛋白质分子的结合过程.结果显示配体分子的大小、拓扑结构以及相互作用的强度对配体分子与受体分子相结合的动力学过程有重要影响.
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采用分子动力学方法研究了含有3种不同晶界的双晶Cu中界面裂纹的扩展行为.计算结果表明,∑5晶界上的裂纹表现为明显的非对称扩展;∑9晶界上的裂纹在扩展中两个裂纹尖端滑移面上出现位错滑移,裂纹迅速发生钝化且左裂纹尖端发生偏折;∑1 l晶界上裂纹扩展表现出左裂纹尖端明显钝化,右裂纹尖端以微裂纹的形式扩展.
在微纳米尺度下,微/纳梁的毛细黏附、液滴的黏附、碳纳米管的黏附等问题具有共性,都涉及到结构的弹性应变能和界面能的竞争平衡,同时均可将某一固定边界看作可动边界来进行处理.因此,运用可动边界条件变分的思想,从系统的能量泛函出发,能够推导出系统的控制方程和在可动边界处的横截性边界条件.
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