珠江口盆地和琼东南盆地深水区构造演化分属两大不同的区域构造演化阶段，即前第三纪基底演化和新生代非典型被动大陆边缘形成阶段。该深水区新生代构造是在南海经过两次不同方向海底扩张短期改造而形成的大背景下形成，并受到红河断裂带走滑作用以及菲律宾板块挤压等主控因素制约，经历了陆内裂谷期、陆间裂谷区域热沉降期和非典型被动大陆边缘晚中新世以来的新构造期三大构造演化阶段。陆内裂谷期盆地结构呈南北分带东西分段的盆岭伸展构造格局。陆间裂谷区域沉降期裂谷区在现今的南海洋壳区域，北部边缘处于其北侧的非典型被动大陆边缘部位，发生区域性热沉降。晚中新世以来南海边缘海中央海盆造洋作用停滞，发生区域沉降，且印度板块向该区侧向向东挤压、菲律宾海向西挤压，南海北部大陆边缘处于双向挤压状态，在南海北部大陆边缘东西两侧形成不同风格的构造。南海北部深水区新生代发育三类凹陷，其一是继承性大型凹陷，其裂谷期、热沉降和新构造持续发育，垂向上叠合，形成深大凹陷，主要有白云凹陷、松南-宝岛凹陷、乐东-陵水凹陷，古近系三套烃源岩叠合发育，形成巨大的烃源岩体;其二是早期凹陷，裂谷期发育，呈半地堑式，后期沉降沉积幅度较小，主要有北礁凹陷等。