【摘 要】
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利用Illurmina测序技术构建了氨氮胁迫下凡纳滨对虾的转录组文库,经过过滤和组装,获得了43,940条Unigenes,平均长度为782 bp,N50为1294 bp.利用BLAST和BLAST2GO软件对这
【机 构】
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中国热带农业科学院热带生物技术研究所,海口,571101
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利用Illurmina测序技术构建了氨氮胁迫下凡纳滨对虾的转录组文库,经过过滤和组装,获得了43,940条Unigenes,平均长度为782 bp,N50为1294 bp.利用BLAST和BLAST2GO软件对这些从头组装的Unigenes进行注释.用NCBI蛋白质数据库(Nr),非冗余核苷酸数据库(Nt),基因本体论(GO),直系同源基因簇(COG)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库做参考,共注释了23,353条Unigenes.其中注释到了大量的抗胁迫、解毒、免疫、凋亡等相关的基因.选取了5个与抗胁迫或凋亡相关的基因(caspase-3,Hsp90,NADPH oxidase,cytochrome C,SPI)进行表达定量分析,结果显示都在胁迫后表达量显著上升,表明这些基因参与了氨氮胁迫的响应过程.本研究结果概述了氨氮胁迫下凡纳滨对虾的转录组学特征,为揭示氨氮胁迫的响应机制提供了大量的基因信息.
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