对黄河中游新乡地区大鳞副泥鳅的线粒体12S rRNA、16S rRNA基因片段进行了 PCR 扩增和序列测定，分析比较了不同个体的序列差异，显示出较高的遗传多样性。大鳞副泥鳅12S rRNA 基因片段长度为 415bp，在 10个个体中检测到3个单倍型，总群体单倍型多样性指数 (HD)0.679，核苷酸多样性指数(Pi) 0.0051，平均核苷酸差异数 (K) 2.107；16S rRNA 基因片段长度为 621bp，在 14 个个体中检测到 6 个单倍型，总群体单倍型多样性指数 (HD) 1.000，核苷酸多样性指数(Pi)0.0038，平均核苷酸差异数 (K)2.333。对大鳞副泥鳅及 GenBank 中选取的 10 种鱼类的 12SrRNA、16s rRNA序列分别建立 UPGMA 系统树，显示两者具有相似的拓扑结构：大鳞副泥鳅 12S rRNA 的三个单倍型先各自为一支，16S rRNA 的六个单倍型先各自为一支，之后都是与鳅科中的后鳍花鳅、泥鳅和高鳅等鳅科汇合，再与鲤形目中的鲤科汇聚。本研究结果可为大鳞副泥鳅资源的保护和开发提供参考。