GP5是PRRSV病毒变异最大的结构蛋白，能够诱导产生中和抗体。2003-2008年本研究从广西各县市采集PRRSV阳性病料，扩增得到的49株PRRSV ORF5基因序列，并对序列进行比较和分析。49个毒株的ORF5分别属于美洲型的Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ亚群，推导氨基酸分析发现：在中和表位区域GXLZ-1、GXLZ-2由H38→N38、L39→I39，Ⅱ亚群所有毒株序列由L39→I39；在R13和R151毒力相关位点，GXGG-1变为Q13，GXLZ-1和GXLZ-2变为K151，其他毒株未发生突变，因此推测Ⅱ亚群毒株的毒力比Ⅰ、Ⅳ亚群的强；从2003～2005年和2006～2008年这两个时间段分析,在9aa、16aa、54aa、59aa、93aa、104aa、185aa氨基酸位点的变异出现了时间规律性；遗传进化树分析发现，随着时间的推移，所获毒株与CH-1a、MLV株亲缘关系逐渐发生偏离，2006年6月之后所获得毒株亲缘关系较近，且与国内PRRSV变异毒株JXA1、HEB1、JX0612、YH、JX1、HUN、HUN4高度同源，推断可能由同一毒株演化而来。