β-淀粉样多肽(Amyloid β-peptide,Aβ)是阿尔茨海默症病人脑中淀粉样沉淀的主要成分.虽然,对于Aβ的产生与聚集到底是该疾病的原因或者结果仍然存在争议,但是越来越多的研究表明,可溶性Aβ寡聚体(而非不溶的纤维化Aβ)具有神经毒性,可能是引起阿尔茨海默病发生的"罪魁祸首".Aβ的聚集状态与其构象转变密切相关.我们采用全原子的、微秒尺度的常规分子动力学模拟研究Aβ40和Aβ42单体在水溶液中的构象转变过程及可能存在的寡聚体聚集机制.我们以α-helix和coil两种不同二级结构为主的Aβ核磁结构以及不同的构象状态,构建了40个Aβ的起始构象.通过对这40个构象在常温常压中性条件下长达1μs以上的分子动力学模拟,发现多条轨迹中Aβ单体均能形成反向并行的长β-sheet结构.这一结构与单体Aβ16-40与Affibody复合物核磁结构比对表明,二者具有很高的结构相似性.以包含反向并行的长β-sheet结构的单体Aβ为基本单元,我们实现了水溶液中Aβ二聚体的自动形成；构建了能稳定存在于水溶液中的三聚体、四聚体和六聚体的结构；构建具有β桶结构特征并且在磷脂双分子层中稳定存在的Aβ六聚体、八聚体、十二聚体、十六聚体和十八聚体等的三维模型结构.这些单体和寡聚体的结构特征是均包含单层的反向平行的β-sheet结构,这一特征可能是基于构象识别的抗体可以区分Aβ纤维和可溶性寡聚体的关键,基于这一特定结构特征进行药物分子设计与发现可以获得抑制Aβ寡聚的小分子抑制剂.