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本文从鱼类消化道微生物组成、形成及消化道微生态分析技术等角度阐述了鱼类消化道微生物结构研究现状,从土著微生物功能、益生菌(包括乳酸菌、芽孢杆菌、酵母菌)并结合功能机制陈述鱼类消化道微生物的功能,以期为水产动物饲用益生菌的高效应用作指导.益生菌在水产上的应用前景广阔。随着对水产品的需求量不断增加，对抗生素替代品的研发程度也在增加。将益生菌应用于水产领域，大大减轻了养殖场环境管理的压力，吸引了越来越多的关注，商业化应用越来越普及用。新生的益生菌筛选技术，结合体内实验，也使益生菌的范围不断扩大。成功获得新奇的益生菌，依赖于对养殖物种消化道微生物生态学的深入理解(从结构到功能)。