猪流行性腹泻( Porcine epidemic diarrhea,PED)是由猪流行性腹泻病毒(PED virus,PEDV)引起的以腹泻、呕吐和对哺乳仔猪高致死率为主要特征的一种高度接触性肠道传染病.近年来,PEDV在包括中国、韩国、日本和美国等国的广泛流行,给养猪业造成了巨大的经济损失.纤突蛋白[Spike (S)]是PEDV4个结构蛋白其中之一,位于病毒粒子表面,含有重要的抗原决定簇,并具有良好的免疫原性,可在感染宿主体内介导中和抗体的产生.S蛋白还具有识别靶细胞、促进病毒和细胞膜结合等生物学功能,常作为疫苗和抗病毒药物开发的靶点.编码离子通道蛋白的ORF3基因是PEDV的辅助基因,与病毒增殖及其感染性与致病力有关.研究收集了2013年4月-2014年4月间浙江省8个地市18个疑似感染PEDV的发病猪场.发病猪临床表现以水样或稀薄黄白色腹泻为主要特征,死亡主要集中在两周龄以下的哺乳仔猪.通过RT-PCR检测分析,浙江省8个地市均存在PEDV污染,阳性牧场的比率为77.8％( 14/18);对同一阳性牧场送检的多个样本S基因测序分析,没有发现存在基因突变.6株PEDV的S基因及ORF3全长片段序列分析显示,6个流行毒株的S基因核苷酸及氨基酸同源性分别为98.3-99.4％和98.1-99.4％,与美国分离毒株(USA/Iowa/18984/2013)具有较高的一致性,其核苷酸同源性为98.7-99.6％,氨基酸同源性为98.8-99.7％.S基因遗传进化树分析表明,6个浙江省流行毒株与我国目前主要流行毒株同属第3群,而与位于第1群的我国疫苗毒株(CV777)存在较大差异.6个流行毒株的ORF3基因核苷酸及氨基酸同源性分别为98.8-99.5％和99.6_99.g％,且不存在CV777疫苗毒株ORF3基因的49个碱基缺失现象.ORF3遗传进化树分析表明,6个浙江省流行毒株也属第3群,与CV777疫苗株较大差异,分属不同群.研究丰富了PEDV分子流行病学资料,为疫病准确诊断和有效防控提供了理论依据.