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红暗柳(Citrus sinensis cv.Hong Anliu)是暗柳橙的一个低酸、果肉红色芽变品种.近年来代谢组学研究发现其果肉相关次生代谢物质，如类黄酮、氨基酸和脂类也发生了显著变化，但是红暗柳内在品质性状形成发生机制并不清楚.由于羧酸代谢是联系其它物质代谢的重要桥梁，本研究以红暗柳和暗柳橙为材料，系统比较了柑橘柠檬酸合成、积累和运输关键基因的表达或酶活性差异，以及代谢物质的差异.结果 发现红暗柳中柠檬酸合成和利用相关的基因表达或酶的活性都显著高于暗柳橙，但是液胞膜上的质子泵相关基因的表达却显著低于暗柳橙.结合代谢物质之间的差异认为；红暗柳液胞膜上质子泵，尤其是质膜型质子泵基因CsPH8的表达下降是红暗柳低酸、果肉变红以及其它次生代谢物质发生显著变化的重要原因.CsPH8表达下降的原因有待进一步研究.