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体细胞胚胎发生是植物繁殖的一种方式，而离体的愈伤胚胎发生既可以进行植株再生、又可以用于遗传转化。该研究采用非靶向代谢组学，对蕨类植物水蕨分别处于增殖期和分化期的愈伤进行代谢物差异分析，以探讨愈伤胚胎发生的代谢机制，为愈伤胚胎发生的代谢组学提供资料。结果发现：（1）水蕨增殖期与分化期的愈伤具有相同的代谢物，且其中一些为疾病药物如放线菌酮和三七素。（2）各代谢物的含量高低不一，但基本上在增殖期和分化期之间无差异。（3）增殖期积累的代谢物预测与ABC通道蛋白途径有关，而分化期积累的代谢物可能与黄酮合成途径有关。研究推测，水蕨愈伤增殖期到分化期的转变是代谢物的量变过程，而非质变；植物愈伤胚胎发生的代谢组可能具有物种特异性。