喀斯特高原湖泊流域由外围向内可分为山区、丘陵区、平坝区和湖泊4个生态环境地质分区。山区主要生态问题是植被退化、生物多样性受损、水土流失、石漠化及地质灾害等；丘陵区主要是植被破坏、山地开垦过渡、建材滥采、地貌景观破坏、污染源点多面广、环境地质问题较多等；平坝区主要是国土空间承载量过大、水资源短缺及污染负荷巨大、生态系统破坏严重、工程建筑挤占湿地和损毁植被、自然流场改造强烈，水环境质量差等；湖泊主要是人类活动强度大，农田、村落等严重侵占湖滨缓冲带生态用地，导致生境受损，生物多样性降低，环湖生态屏障功衰减或丧失，水质污染严重等。根据高原湖泊流域生态地质环境分异特征、水循环及物质传输规律、资源与环境条件，从研究自然演替规律和内在机理出发，分区评价流域生态功能及适宜性，揭示主要生态问题，总结实践经验，探讨基于自然解决方案的思路与原则，构建适应高原湖泊流域资源与环境条件和社会现实的生态修复方案。山区以保护保育提升生态功能为主，丘陵区以人工辅助再生、生态重建提升生态与经济功能为主，坝区以生态重建和转型利用以消除生态环境隐患、修复生态和恢复土地功能为主，湖泊主要开展水质修复和生态重建等。目前，高原湖泊内完成修复面积593hm2，基本实现消除地质安全隐患、防治水土流失、恢复植被3大目标任务，稳定和改善云南省九湖流域生态系统功能，提升土地利用价值，维护区域生物多样性。