【摘 要】
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氨基酸序列比对作为构建系统发育关系、蛋白质功能注释的重要手段,在比对过程中对氨基酸替代事件的估计将直接影响序列比对的结果。我们通过替代发生的概率来推测进化过程中氨基酸具体的替代类型,以确定最为可信的比对结果。为了得到氨基酸各种替代类型发生的概率,我们对发生于40个古细菌物种中共3980条蛋白质序列的13413个替代事件进行了统计,并根据统计结果构建氨基酸替代矩阵。本研究为了检验氨基酸替代模式是否在
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氨基酸序列比对作为构建系统发育关系、蛋白质功能注释的重要手段,在比对过程中对氨基酸替代事件的估计将直接影响序列比对的结果。我们通过替代发生的概率来推测进化过程中氨基酸具体的替代类型,以确定最为可信的比对结果。为了得到氨基酸各种替代类型发生的概率,我们对发生于40个古细菌物种中共3980条蛋白质序列的13413个替代事件进行了统计,并根据统计结果构建氨基酸替代矩阵。本研究为了检验氨基酸替代模式是否在生物域间存在差异,我们将研究数据局限于古细菌生物域。古细菌是一类很特殊的细菌,多生活在极端的生态环境中。通过分析发现,古细菌生物域的氨基酸替代矩阵与Dayhoff 1978研究中的整体生物圈氨基酸替代矩阵存在一定差异。同时本研究还发现氨基酸含量比对于构建氨基酸替代矩阵、描述氨基酸替代能力有重要意义。
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