不结球白菜晚抽薹基因BcFLC1,BcFLC3的克隆及表达分析

来源 :南京农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:feijian06
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
利用已知的抑制抽薹基因的保守序列设计特异性引物,获得不结球白菜晚抽薹BcFLCl, BcFLC3基因的全长cDNA序列,为了更好的研究这些基因,对抽薹开花进行调控,本试验利用荧光定量PCR对其进行不同时期,不同部位的表达分析,并利用Southern杂交技术对BcFLC3基因在不结球白菜基因组中的拷贝数进行研究。进一步利用该基因开展蔬菜晚抽薹调控提供了理论和技术支持。1不结球白菜抽薹相关基因BcFLC1全长克隆与序列分析以南京农业大学园艺学院白菜课题组提供的不结球白菜(Brassica campestris ssp. chinensis)’NJ074’为试材。参照油菜FLCl基因(GenBank登录号AY036888.1)设计特异性引物,采用RT-PCR、5′RACE、3′RACE方法,克隆得到了不结球白菜’NJ074’晚抽薹基因BcFLCl,该基因CDNA全长序列909bp,包含有576bp的开放阅读框。采用生物信息学方法,利用多种在线软件对BcFLCl蛋白的氨基酸与其他植物抽薹相关基因的同源性、系统进化、亲水性、跨膜区、亚细胞定位、所含模体及蛋白质结构进行预测和分析。结果表明:利用DNAMAN软件分析BcFLC1基因编码氨基酸序列与其他植物抽薹相关基因的同源性,结果表明,BcFLC1与己克隆的植物的抽薹相关基因均有不同程度同源性,与油菜(AAK70215.1)和大白菜(ABI29999.1)的控制抽薹基因同源序列相似性分别高达96%和95%,与萝卜(AAP31676.1)相关基因相似度为82%,与拟南芥(AAV51217)控制抽薹基因同源序列相似性为86%。理化性质分析显示其编码194个氨基酸,分子量为21877.6D,pI值为8.71。TMpred跨膜分析显示,它含有1个显著的跨膜螺旋区,这个区域与ProtSCale预测的疏水区基本重叠。用Target P server和WOLFPSORT server程序预测该蛋白为细胞质蛋白。结构域分析显示该蛋白含多种磷酸化位点。二级结构以α-螺旋和随机卷曲为主。结论该研究可为不结球白菜抽薹蛋白BcFLC1结构和功能的实验研究提供理论依据。不结球白菜BcFLC1蛋白进行功能域预测分析,结果表明:该基因为MADS盒基因,其编码的蛋白1~60aa属于MADS盒基因蛋白。通过荧光定量PCR分析表明:BcFLC1基因在不结球白菜不同生长发育阶段叶片中的表达情况不同,抽薹前高于抽薹后叶片中的表达量。BcFLC1基因在不结球白菜不同部位表达也存在差异,表达量从高到低依次为:叶、茎、花蕾、花和根。2不结球白菜抽薹相关基因BcFLC3长克隆与序列分析参照大白菜BcFLC3基因(GenBank登录号/(?)Y036890.1)保守域序列设计引物,扩增出不结球白菜晚抽薹BcFLC3基因的核心片段,结合5’RACE和3′RACE技术获得该基因的5’端序列和3’端序列,利用DNAman软件经序列拼接获得1个全长为1017bp的CDNA序列,包含完整开放阅读框,编码197个氨基酸的蛋白质。采用生物信息学方法,利用多种在线软件对BcFLC3蛋白的氨基酸与其他植物抽薹相关基因的同源性、系统进化、亲水性、跨膜区、亚细胞定位、所含模体及蛋白质结构进行预测和分析。结果表明:利用DNAMAN软件分析BcFLC3基因编码氨基酸序列与其他植物抽薹相关基因的同源性,结果表明BcFLC3基因与己克隆的植物的抽薹相关基因均有不同程度同源性,与甘蓝(AAP31677)的控制抽薹基因同源序列相似性高达94%,与拟南芥(AAV51217)控制抽薹基因同源序列相似性为79%。理化性质分析显示其编码197个氨基酸,分子量为21.62kD,pI值为9.36。TMpred跨膜分析显示,它含有1个显著的跨膜螺旋区,这个区域与ProtScale预测的疏水区基本重叠。用Target P server和WOLFPSORT server程序预测该蛋白为细胞核蛋白。结构域分析显示该蛋白含多种磷酸化位点。二级结构以α-螺旋和随机卷曲为主。结论该研究可为不结球白菜抽薹蛋白BcFLC3结构和功能的实验研究提供理论依据。不结球白菜BcFLC3蛋白进行功能域预测分析,结果表明:该基因为MADS盒基因,其编码的蛋白1~60aa属于MADS盒基因蛋白。通过荧光定量PCR分析表明:BcFLC3基因在不结球白菜不同生长发育阶段叶片中的表达情况不同,抽薹前高于抽薹后叶片中的表达量。低温春花处理后,BcFLC3基因在不结球白菜不同部位表达也存在差异,表达量从高到低依次为:叶、茎、花蕾、花和根。Southern杂交表明:BcFLC3在不结球白菜基因组中是多拷贝。
其他文献
放了两天假,我又一次见到了久违的黄土地了.不知为什么,这一次,我心里却涌起了一股从未有过的辛酸.
语文课上,不珍惜时间的东东趴在桌上打起了瞌睡.
本试验于2006年12月~2008年3月在周至猕猴桃果园中进行。以7年生猕猴桃海沃德品种为材料,对其进行施钾处理,探讨钾对猕猴桃果实品质及耐贮性的影响,结果表明:1.在相同氮磷水平
在我家院子里,有一片萋萋芳草地.rn草地上有一株古槐,那一小团一小团的绿叶闪着翡翠般的光泽,树干上垂下的根须仿佛无声地诉说着它的沧桑.两三株亭亭玉立的白杨树,浑身散发着
近年来,沛县蔬菜产业发展十分迅速,2007年沛县农业生产总产值65.18亿元,其中蔬菜产值36.75亿元,占当年农业总产值的56.39%,占当年种植业总产值的76.60%,在农业总产值中列第一位。蔬菜
液泡加工酶(vacuolar processing enzymes, VPEs)具有加工和活化功能蛋白以及调节细胞程序性死亡和植物衰老的作用。平邑甜茶(Malus hupehensis (Pamp) Rehd. var pinyiensis
本试验在对黄瓜植株子叶期(子叶充分展开)和真叶期(第1真叶横宽5cm)进行不同程度的机械损伤处理下,研究机械损伤对黄瓜植株生长的直观损伤效应和黄瓜叶片内的几种关键防御酶
小李是一个品学兼优的学生,老师器重他,同学喜欢他.rn有一天,他做了一个梦,梦见一个老婆婆给了小李一个方块,说:“这是一个神奇的魔方,能够预知未来.”小李非常高兴,连忙收下
桃果实软化是成熟过程中一个复杂而有序且是不可逆的过程,涉及一系列的生理生化反应,进而导致果实的耐藏性和抗病性下降,缩短货架寿命。一般认为,果实软化与细胞壁中果胶类物
春天来了,几阵轻风,数番微雨,洗去了冬日的岑寂.大地透出嫩绿的颜色,花儿们也陆续开放.