新冠疫情是新中国成立以来,防控难度最大、传染范围最为广泛、传播的速度最为迅速的公共卫生事件。传染病疫情直接威胁着我们身边每一个人的生命和健康安全,因此为了能够有效展开疫情防控的工作,公权力需要适当扩张,行使强制管理权对传染病防治进行统筹规划,从而对公民的信息权、人身自由权等基本权利进行限制。为了保护公共利益,适当的行使强制管理权是有必要的,然而如果行使过度的话,会在一定程度上损害公民的正当合法权益。所以,有必要围绕防控疫情过程,对保护公民权益作出足够的重视,对公民基本权利实现方式的限制应当保持在正常合理的限度之内。各方主体要充分考量突发事件的紧急性再制定合理应对策略,如果存在多种处理方法,要选择能够对公民、法人和其他组织权益作出最大保护的方法。但是,在此次传染病防治的过程中,所采取的一部分联防联控抗疫措施,使得公民基本权利受到了相应过度的限制,甚至造成了过度的克减与非法侵害。因此,在采取严控措施、阻断病毒传播的同时,如何保障民众生命健康权等基本权利,是一个值得我们认真思考的重大问题。对此,本文对这次新冠病毒肺炎防治过程中,公民基本权利遭受侵害的原因进行了分析,对于现阶段的传染病防控工作来说,缺陷在于立法上在疫情防控期间如何保障公民权利的具体法律规定不足,法律依据缺失,执法上传染病分类管理未充分落实、不同部门沟通不畅、防控主体资格混乱,司法上存在救济机制不完善,维权成本过高的弊端,加之公民维权意识薄弱,这就致使公民的基本权利受到侵害,并在事后无法得到及时有效保障。本文从基本权利保障视角,总结和反思了2020年中国防控新型肺炎疫情中采取的各项措施对公民基本权利保障的影响,并从立法、执法、司法、守法的角度给出了相应的合理化建议,这有助于各方主体在今后在面临重大传染病疫情时,能够更全面、更协调、更合理地保障公民基本权利。