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应用变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)、磷脂脂肪酸(Phospholipid Fatty Acid,PLFA)分析和BIOLOG ECO微培养等免培养技术,对不同生境的土壤样品以及经过不同方法处理的土壤样品进行了微生物多样性探测,在此基础上,设计放线菌分离培养基、选择适宜的分离方法,开展放线菌的分离和识别工作。
DGGE结果提示样品453和219中蕴含着大量新分类单元的放线菌资源;PLFA显示土样干热处理、添加适量抑制剂是抑制土壤真菌和革兰氏阴性菌的有效手段、选择性富集培养是提高革兰氏阳性菌比例的有效手段;BIOLOG ECO微培养技术揭示微生物对不同类碳源具有选择性利用倾向,革兰氏阳性菌对脂类碳源具有利用倾向。
以免培养研究结果为基础,设计了以单糖、二糖及多糖、氨基酸、脂类为碳源的22种单一碳源分离培养基和以复杂或混合营养底物为碳源的10种复合碳源培养基,运用干热处理、添加抑制剂和富集培养协同处理的方法,通过稀释涂布平板法从204份土壤样品中分离、纯化得到菌株1905株。经过观察初步排除形态重复菌株后选择406株菌测定了16S rRNA部分基因序列,结果显示其中有367株放线菌,39株细菌。放线菌隶属于以下35个属:Streptomyces、Nonomuraea、Actinomadura、Nocardia、Actinopolymorpha、Polymorphospora、Micromonospora、Microbispora、Microtetraspora、Catellatospora、Nocardioides、Nocardiopsis、Rhodococcus、Saccharothrix、Amycolatopsis、Isoptericola、Arthrobacter、Actinoplanes、Oerskovia、Herbidospora、phaerisporangium、Dactylosporangiu、Streptosporangium、Kribbella、Pseudonocardia、Cryptosporangium、 Dietzia、 Actinoallomurus、Mycobacterium、Planotetraspora、phingomonas、Couchioplanes、Verrucosispora、Plantactinospora、Promicromonospora;细菌隶属于以下15个属:Staphylococcus、Viridibacillus、Vario vorax、Brevibacillus、Bacillus、Cellulosimicrobiumt、Steroidobacter、Belnapia、Chryseobacterium、Methylobacterium、Halomonas、Marinococcus、Jeotgalibacillus、Micrococcus、Planomicrobium。其中Streptomyces占45.1%,Micromonospora占7.4%,其它稀有放线菌共34个属,占47.5%。77株放线菌和8株细菌为潜在新微生物分类单元菌株。
应用多相分类手段(包括形态特征观察、生理生化特性实验、细胞化学组分分析、DNA G+C含量测定、DNA-DNA杂交、16S rRNA全序列分析以及系统发育地位)对海南样品分离得到的菌株CPCC100156T、 CPCC100154T和CPCC100155进行了分类研究。综合表型、基因型和系统发育三个层面的信息,确定了菌株CPCC100156T、 CPCC100154T和CPCC100155的分类地位。其中CPCC100156T代表了Belnapia属的一个新物种,建议命名为Belnapia rosea sp.nov.(该研究已经发表于IJSEM);菌株CPCC100154T和CPCC100155同属于Steroidobacter属的1个新物种,建议命名为Steroidobacter hainanensis sp.nov.,典型菌株为CPCC100154T。
免培养和纯培养结果比较分析显示:土壤样品中存在着大量新的放线菌资源,选择合适的分离方法是认识这类资源的必要手段。土壤样品干热处理是抑制真菌和部分细菌生长的有效方法;制霉菌素、萘啶酮酸和氨曲南对土壤真菌和革兰氏阴性细菌等非目的菌的有效抑制大大提高了放线菌的出菌率;腐殖酸、丙酸钠等培养基是选择性分离放线菌的有效培养基。