猪传染性胃肠炎病毒SCY株3'端序列的结构分析

来源 :中国微生物学会兽医微生物学专业委员会2006年学术年会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:capfhn
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根据GenBANK的核酸序列,设计8对引物从TGEV模板中分别扩增了1.9kb、1.6kb、1.5kb、2.0kb、1.1kb,1.4kb,1.4kb,1.3kb共8个片段,经测序拼接后获得8495 bp的TGEV序列.根据与其他TGEV和冠状病毒的序列和结构特征比较表明,该段序列克隆了除TGEV聚合酶基因以外的S、M、N、E、NSP3A、NSP3B、ORF7S、M、N、E、NSP3A、NSP3B、ORF7七个基因;根据S、M、N基因构建的进化树分析表明,TGEV-SCY株与TS、HN2002、TO14、TS、pudue等毒株亲缘关系较近;密码子偏爱性分析结果认为TGEV在对密码子的存在轻微的偏向性,个别氨基酸偏向于选择以A和T结尾的密码子.
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