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利用11个ISSR引物分析了中国27个自然居群145个野生毛木耳菌株的遗传多样性.在物种水平上多态位点百分率(P)=100%,Nei遗传多样性(H)=0.1935,Shannon多态信息指数(J)=0.3274,总基因多样性(Ht)=0.1918以及较低的基因流(Nm=0.7251),表现出较高的遗传多样性.在假定种群处于Hardy-Weinberg平衡状态下,基于遗传多样性分析发现居群间具有较高水平的遗传分化(Gst=0.4081),表明59.19%的遗传变异存在于居群内.菌株间的遗传距离分析表明大部分遗传变异存在于居群的个体间,而居群间高水平的遗传分化可能是由有限的基因流,地理隔离及随机遗传漂变共同作用引起的.