本文基于非期望产出的超效率SBM模型,将中国30个省的新三板市场挂牌企业数量、A股市场中科技型企业数量占比、风险投资事件数量、风险投资受资企业数量作为投入,将新三板市场摘牌企业数量占比作为非期望产出,对多层次资本市场支持高技术产业化的效率进行测度,并从省层面、区域层面、全国层面对效率进行比较分析。研究结果显示:(1)从省层面看,综合技术效率有效的省份有8个,排名前五位的省份有上海、北京、广东、江苏、天津,从区域层面看华南地区多层次资本市场支持高技术产业化的效率大于1,说明这些省份和地区多层次资本市场更加活跃,相同的多层次资本投入可以得到相对较高的高技术产出。华中、东北、西北地区多层次支持高技术产业化的效率较低,说明多层次资本市场支持高技术产业化的投入存在浪费或效率损失等问题。(2)从省层面看,纯技术效率有效的省份有13个,其中排名前五位的省份有上海、江苏、福建、广东、北京,从区域层面看,华东和华南地区的纯技术效率值大于1,说明这些省份和地区多层次资本市场支持高技术产业化的内部结构更为合理,对高技术产业化的支持效率较高。(3)从全国层面来看,多层次资本市场支持高技术产业化的综合技术效率的均值为0.6795,没有达到完全有效。(4)多层次资本市场的内部结构对效率的影响结果显示,新三板市场的回归系数大于A股市场和风险投资市场,说明新三板市场在提升高技术产业化的效率方面高于A股市场和风险投资市场。