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用68对SSR引物扩增了35个粳稻品种（系）的基因组DNA，结果有46对引物在35个品种间具有稳定多态性。有6个品种可用单一特异的SSR标记加以识别，其余29个品种则需要不同的SSR指纹组合才能识别。用12对核心引物构建的SSR指纹图谱能将35个粳稻品种逐一区别开来。35个粳稻品种间遗传相似系数的变异范围为0．27～0．98。采用类平均法进行聚类分析，在相似系数0．82处，可将35个粳稻品种分为4类。聚类分析结果基本上反映了依据系谱分析的品种问亲缘关系。