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目的：开发FORS-D分析软件，并比较不同碱基随机打乱算法对FORS-D分析的影响。方法：根据单、双、三碱基及密码子随机打乱算法，用ActivePerl-5．8．8．820编写“Random_fold_scan”软件，它通过系统命令调用RNA-structure4．2来计算FORS-D值。用4种碱基随机打乱算法分别计算来自不同物种的12个mRNA序列，并且比较它们对FORS-D值的影响。结果：4种随机打乱策略不影响核酸序列的FORS-D分布趋势，但是单碱基打乱算法可以获得比其他3种算法更低的FORS-D值