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自明代万历三年设副总兵,南澳岛成为东南沿海的军事重镇,由此开启了闽粤两省共管的历史。从文献记载来看,水师官弁长期把持海岛事务为南澳岛带来了惠民之政,也带来了兵丁结党欺民之弊。在王朝逐步将清初东南海域的地方豪势清理之后,文官借由粮饷贪墨案介入南澳岛权力系统。雍正十年,清廷设立了粤闽海防军民同知,海隅孤岛由此成为具备成熟建置的独立行政区域。