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植物保护与农产品安全有着密切的关系。通过植物保护措施（农业防治、物理防治、生物防治、植物检疫、化学防治等）控制农业有害生物（虫害、病害、杂草、鼠害等），减轻有害生物对作物的危害，使农业丰产，保护农业生产的安全。保证农产品的有效供应，即农产品数量安全，而植物保护措施中的化学防治，因滥用化学农药，特别是剧毒、高毒、长残留农药，也会造成环境污染，致使农产品农药残留超标，引起人畜中毒（包括急性中毒和慢性中毒），影响农产品的质量安全。