木薯EST资源的SSR信息分析

来源 :中国农学通报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:q5108947
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为了进一步利用现有木薯EST-SSR资源。笔者从NCBI公共数据库下载了38411条木薯EST,去除低质量的和冗余的的序列后.得到全长为4.16×10^3kb的无冗余序列5401条。在无冗余序列中发现含有SSR的EST序列595条。共691个SSR,平均相隔6.02kb出现一个SSR。这些SSR的出现频率和平均长度分别是11.02%和18.89bp。在1~6bp的重复基元中,二核苷酸重复基元出现频率最高(36.03%),其次是三核苷酸重复基元(31.84%)、单核苷酸重复基元(30.10%)。出
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