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宏基因组测序（mNGS）基于宏基因组学和高通量测序技术,可检测并分析各种临床来源样本中细菌、真菌、病毒、寄生虫、支原体/衣原体等所有已知及未知的病原体,特别是未知新发病原体（如新型冠状病毒等）。该技术规避了绝大多数病原体不能培养或难培养的缺点,可直接检测临床样本中的病原体核酸,解决了新发或突发、复杂或混合感染、罕见病原体鉴定难的问题。该文从实验室建设的基本要求、实验方法学的性能确认、质量控制体系的建立和健全、结果的分析和解读及在感染性疾病诊断中的价值等方面,对mNGS技术用于感染性病原体检测作一共识。