农机合作社是以社员为主要服务对象,提供机耕、机播、水稻育插秧机械化、植保、机收等农业机械化全程服务,水稻小麦种植,种子、化肥、农药等农业生产资料的购销,农产品销售、贮藏以及与农业生产经营有关的技术、信息服务;以服务社员为宗旨,谋求全体成员的共同利益的组织。2007年《中华人民共和国农民专业合作社法》的实施以及《农机专业合作社示范章程》的下发,明确了农机合作社的法律地位和组织属性、利益分配与内部治理等重大问题。目前,湖南省益阳市农机合作社正处于一个从不规范到规范、从松散型到紧密型的发展阶段。农机合作社的治理问题逐渐突显出来。健全内部治理结构,完善治理机制是促进农机合作社规范运行和持续发展的关键。本论文首先通过实地调研,从弄清楚农机合作社目前的治理状况入手,明确研究对象,运用委托—代理理论、交易费用理论、现代企业理论等,对农机合作社治理机制进行一般性分析,构建理论框架；其次是在对益阳市农机合作社发展进行实践分析的基础之上,结合益阳市农机合作社的相关治理案例,分析益阳市农机合作社治理面临的问题并找出原因。存在的问题主要表现为内部治理机制弱化和外部治理机制不到位。究其原因,是成员异质性、农民综合素质与观念、合作社自身盈利水平、合作社内部沟通机制及外部环境和制度建设不完善等因素综合作用的结果。最后,综述以上成果,提出农机合作社治理机制优化设计的理论框架,从指导思想、设计原则和思路三方面构建总体设计设想；并从外部治理机制和内部治理机制两方面设计具体方案。即优化农机合作社内部治理机制,包括对科学决策机制的设计、管理层和社员激励机制的设计,内部监督机制的设计,并从政府管理和市场环境方面提出优化外部治理环境的具体对策。