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由小麦隐匿柄锈菌引起的小麦叶锈病,是中国境内发生最普遍、广泛的病害之一,严重威胁着中国的小麦安全。小麦叶锈菌的群体结构研究,对于了解其流行规律及指导防治具有重要的意义。本研究采用34个已知的抗病基因品系(种),对来自我国新疆、河南、甘肃、云南四省区小麦叶锈菌进行了毒性鉴定,分析了群体毒性结构;同时采用四个保守基因片段(RPB1、HSP70、RPB2、TUB)的单核苷酸多态性标记对其进行遗传结构研究。(1)四省区叶锈菌的毒性结构45种致病类型出现在本研究中,THT,NHJ,PHF,PHT为优势致病类型。四省区叶锈菌群体对Lr2b、Lr2c、Lr3bg、Lr10、Lr14a、Lr14b、Lr16、Lr17、Lr26、Lr27+31、Lr33、Lr34、Lr35、Lr36基因的毒性频率超过了75%,这些基因在群体中丧失了抗病性。而Lr9、Lr15、Lr19、Lr24、Lr25、Lr28、Lr29、Lr42此八个基因的毒性频率低于30%,尚有利用价值。Lr2a、Lr3ka、Lr18、Lr23、Lr30、Lr32、Lr43毒性频率差异较大,变化幅度均超过50%。叶锈菌群体毒性多样性表明甘肃群体、云南群体毒性多样性高于河南群体、新疆群体。UPGMA聚类表明河南、甘肃群体遗传距离更近,云南群体与其余三个群体距离较远。(2)四省区叶锈菌群体的分子遗传多态性四个基因片段拼接后总长为3103bp(部分含缺失),四省区共89条序列发现了18个多态性位点,其中11个为简约信息位点,7个为单一信息位点,12个转换,6个颠换。共出现49种单倍型,新疆地区出现17种单倍型,河南地区出现13种单倍型,甘肃地区出现15种单倍型,云南地区出现19种单倍型。(3)小麦叶锈菌分子群体遗传结构Snn检测与SAMOVA检测将中国四省区小麦叶锈菌群体划分为三个区组,AMOVA分析结果显示,四省区叶锈菌群体内遗传变异为主要变异来源。中性检验及核酸错配分布图表明,小麦叶锈菌的进化符合中性进化模型,且该群体过去经历了群体扩张。(4)小麦叶锈菌群体间的遗传分化及基因流单倍型网络进化结果表明新疆群体与甘肃云南群体存在着一定的遗传分化。除甘肃与云南地区群体间无显著性遗传分化,其余两两群体间遗传分化显著。基因流结果显示四省区间存在广泛的基因流,但河南群体与新疆群体间,云南群体与甘肃群体间的基因交流更频繁。