大麦BAC文库三维混合池的构建与HvGW2基因筛选

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目的:本研究的目的在于利用现有的大麦BAC单克隆文库(HV_MBb)构建大麦BAC文库三维混合池,并开发一种基于PCR筛选的BAC文库高通量筛选的方法;以便从超过147456个单克隆文库中快速筛选出含有目的基因HvGW2的阳性BAC克隆,并对HvGW2在极端性状材料中的多样性做初步分析。方法:通过数学计算,设计构建可用最少PCR次数筛选的大麦BAC三维混合池模型,利用Q-Pix2系统分别构建了大麦BAC文库三维混合池的板池,行池和列池。同时,设计特异性引物对获得的混合克隆池进行PCR筛选,通过三点定位直接获得单个候选阳性BAC克隆。在此基础上分别统计BAC文库的空载率和所研究目的基因的阳性BAC克隆。最终,根据对目的基因HvGW2所在阳性BAC克隆的部分基因测序结果,结合基因组共线性分析,设计覆盖基因编码区的特异性引物,在籽粒宽度极端性状的大麦种质资源中开展初步关联分析。结果:本研究构建了一个包含160个混合克隆池的大麦BAC三维混合池(板池48个,行池64个,列池48个)。分析获得了该文库中空载体单克隆数目和编号,计算得到混合池空载率为1.52%。从三维池中筛选到三个含有HvGW2基因的阳性BAC克隆,其中,196M02克隆包含完整目的基因。根据该克隆的初步测序结果,分别与禾本科中的水稻和小麦进行基因共线性分析,设计包含编码区的多组基因特异性引物。初步分析发现,其第二外显子上的序列变异与大麦籽粒宽度和千粒重性状高度相关。结论:本研究构建的大麦BAC三维混合池空载率仅为1.52%,共160个混合池,利用特异性引物PCR技术,可以实现快速高效地进行全文库的筛选,满足功能基因发掘的需要。通过构建大麦BAC文库三维混合池及对HvGW2基因的初步研究,为大麦其他功能基因的研究提供了重要的研究平台。
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