低温胁迫是影响植物正常生长发育的主要因素之一，也是农业生产面临的重大灾害之一。探究植物在低温胁迫响应的分子机制对于培育优质种质、保证农业生产可持续发展有着重要意义。二穗短柄草（Brachypodium distachyon）是作为禾本科植物的新模式材料，具有广泛的环境适应性和遗传多样性，是开展环境胁迫研究的理想材料。
　　CBF（CRT/CRE binding factor）转录因子在植物低温胁迫响应中发挥着重要作用。但是其在基因组水平的调控靶点及网络还不清楚。基于此，采用DNA亲和纯化实验及高通量测序技术（DAP-seq）开展了二穗短柄草CBF的基因组水平绑定位点的分析工作。研究结果概括如下：
　　（1）通过分析CBF1/2/3的DAP信号和去甲基化DAP（ampDAP）信号在转录起始位点附近的强弱，发现DAP信号在转录起始附近减弱，而ampDAP信号较强。为了探究造成这种差异现象的原因，分别对CBF1/2/3的DAP位点和ampDAP位点以及DNA超敏感位点的AT/TA、GC/CG含量，以及与DNA超敏感位点和转座子区域重叠的情况展开了分析，结果发现DAP位点的AT/TA含量高于GC/CG含量的结构特征，然而，ampDAP位点的GC/CG含量高于AT/TA含量的结构特征。
　　（2）通过对CBF1/2/3调控的邻近基因进行GO功能富集分析，发现DAP位点邻近基因和ampDAP位点邻近基因的分子功能，大部分都是与染色体结构、DNA构型等相关。DAP位点含有较多的AT/TA碱基对，易使DNA结构发生弯曲，发现此DNA结构与包装核小体的DNA结构很相似。
　　（3）分析CBF1/2/3的DAP位点富集在启动子区域所包含的顺式作用元件中，发现CBF的DAP位点所在的调控区包含有和冷响应相关的长末端重复序列（LTR）：CGGAAA，因此证实了CBF1/2/3靶定的调控区和调控冷诱导基因表达有关。
　　（4）通过分析CBF1/2/3DAP位点甲基化，发现在CG、CHG、CHH序列景下，CBF1/2/3结合的DNA甲基化含量低于侧翼序列，整体的甲基化含量高低：mCG＞mCHG＞mCHH。通过探究靶定在每个基因区域的CBF1/2/3的DAP位点甲基化含量对基因表达的影响，发现在内含子区和外显子区域内的DAP位点的甲基化含量很高，和基因的表达量呈正相关。TSS上游1Kb区域内DAP位点甲基化含量和CBF1/2/3基因表达呈负相关，但是在CG序列背景下，基因下游CBF1的DAP位点甲基化含量和基因表达呈很强的正相关。
　　（5）通过qPCR实验验证CBF1/2/3的表达，只有CBF2/3基因表达上调，而CBF1表达下调，结果表明CBF1可能和冷胁迫响应调控呈负相关，而CBF2/3和冷胁迫响应调控呈正相关。
　　上述结果对认识CBF1/2/3转录因子在Bd21中是否具有冷胁迫响应调控的作用机理提供了重要依据，为推动体外研究转录因子提供了参考。