毛细管电泳是近二十年来迅速发展起来的一种微分离分析方法，并被认为是20世纪80年代这一领域中最有影响的分支学科之一，是分离学科中继高效液相色谱（HPLC）之后的又一重大进展。但在传统的毛细管电泳方法中，大多数在水性的溶剂中进行的，这就要求被分析物具有良好的水溶性，即分析物有一定的亲水性。为了解决强疏水性样品在毛细管电泳中的分离分析问题，1984年Walbrohel等人首次提出采用非水毛细管电泳（NACE）方法。本文对非水毛细管电泳技术的基础应用进行了以下三方面的研究： 1．通过对电解质体系、非水介质、缓冲溶液pH^*值等电泳条件进行系统的考察，建立了简单、快速、准确、重现性好、成本低的分离分析核苷类（单磷酸腺苷）的非水毛细管电泳分离分析方法，在此方法中不加表面活性剂就能成功的分离三种单磷酸腺苷。并用此方法分别对6种N-磷酰化氨基酸和腺苷反应液中的产物AMP进行了跟踪测定。 2．基于正交实验设计，非水毛细管电泳中非水介质、电解质、缓冲溶液的表观pH（pH^*）以及分离电压等影响分离因素被优化，实现了三种酸性除草剂快速、有效、准确的非水毛细管电泳的分离与测定，并成功对300个实际烟草样品中三种除草剂残留进行了测定和评价。 3．以不同内径的毛细管，在同一的电泳条件下对碱金属（Li⁺、Na⁺、K⁺、Rb⁺、Cs⁺）、碱土金属(Mg²⁺、Ca²⁺、Ba²⁺、Sr²⁺)和NH₄⁺等10种阳离子用间接紫外法进行了NACE分离研究。缓冲溶液体系中，甲醇为非水溶剂，乙酸为配位调节剂，缓冲溶液中含有20mmol／L的4-甲基苯胺（MBA），其pH值通过乙酸的加入量来调节。选择MBA做为同电荷离子，因为它的pKa值比咪唑的大，高的pKa值易于缓冲溶液体系的调节，也有利于电渗流和离子电泳淌度的调控，并获得最优化的分离。通过实验，对碱金属、碱土金属以及铵离子的非水毛细管电泳分离的机理进行了讨论。