席卷全球的新冠疫情虽使我国各行业的中小企业受创严重,但是新三板市场较低的挂牌门槛以及北京证券交易所的建立在为中小企业发展提供机会的同时也提升了整个资本市场对新三板未来发展的信心。各类中小企业青睐新三板市场,因为新三板市场可以为其获得融资、提高知名度、赢得更好的发展机遇。但是,大多数挂牌新三板的企业仍旧处于初创阶段,这些企业内部控制不够健全、组织结构不够科学、盈利能力和可持续发展能力不够强等问题明显,而其中的农副食品加工企业也并未例外。同时,该行业企业具备制造业企业和农业企业的双重特点,其独特的性质为管理层的财务舞弊创造了便利条件。在新三板市场的背景下,农副食品加工行业由于其本身的复杂性存在不可忽视的审计风险,这也进一步影响着注册会计师的审计工作以及新三板市场的持续改革。本文首先总结新三板农副食品加工企业的现状。其次,立足收集的大量市场及行业信息分析新三板及农副食品加工行业的显著特点,并总结相对应的审计风险领域或审计风险点,为接下来的SL公司审计风险分析做铺垫。接着,以违规被处罚的SL公司为例,沿着审计风险模型的层次进行深入分析。最后,总结出在新三板市场背景下对农副食品加工企业实施审计工作时需要审计项目组关注的各层次风险,并在此基础上提出相关风险防范的措施。在此过程中,研究发现主要有:（1）新三板的挂牌标准、市场分层制度等相关特性以及农副食品加工行业的购销模式、税收政策等都会增大企业的重大错报风险;审计人员在执行审计工作时对总工作时间、工作量之间的衡量会增大检查风险,同样会增大检查风险的还有对特定某一行业的了解程度和相关审计经验。（2）农副食品加工企业SL公司的财务报表层的重大错报风险主要体现在持续经营能力弱、内部控制缺陷、对赌协议给予管理层的业绩压力等方面;认定层的风险主要体现在货币资金、关联交易下的营业收入、相关成本费用的计算等问题所涉及的认定上;检查风险主要表现在项目组的审计人员在该行业的审计实务经验不足、审计可用资源紧张且审计工作量大导致的审计程序实施不充分等方面。（3）针对所表现出来的风险点,相关审计人员可以采取适当措施更好地对风险进行识别,同时应对自身原因带来的检查风险等。