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广域分布的两栖类无尾目动物，一直被视为分子支系地理学研究的模式物种。近年来，两栖类全球性的衰退问题已引起广泛关注。作为我国分布最广、数目最多的两栖类动物--黑斑侧褶蛙(Pelophylax nigromaculatus，简称黑斑侧褶蛙)，也如同其他许多两栖类动物一样，正处于严重的衰退中。为此，本文在筛选SSR以建立检测标记，并配合使用线粒体控制区标记，对黑斑侧褶蛙的群体检测，分析种群的遗传结构特征，以期为相关领域开展黑斑侧褶蛙及其近缘类群衰退问题的研究，提供有用的信息。本研究主要结果如下：
(1)以磁珠富集法筛选了13个多态的微卫星座位(Rnh1～Rnh13)，自浙江金华的35个黑斑侧褶蛙个体检测到的等位基因值为3-14，观察杂合度和期望杂合度分别为0.171-0.941和0.422-0.912。各位点多态信息含量为0.341-0.891，位点累计的个体识别率达到0.9999。
(2)以古北区区域内23个种群的321个个体的样品为材料，通过线粒体D-loop区约630bp的序列分析，定义了114个单倍型，并基于邻接法(neighborjoining，NJ)将这些单倍型分为两个明显的支系，依据其分布的地域命名为：中原支系和东北支系。除长白山脉一带的黑斑侧褶蛙种群属于东北支系外，其余中国境内的古北区黑斑侧褶蛙皆属于中原支系。其中，中原支系的在Bayes树、NeighborNet网络、Median-joining网络中都大致可以分为两支。这两支的分布基本是重叠的，这可能暗示着中原支系在扩散初期就存在着多态的祖先单倍型。
(3)按照无尾目物种线粒体控制区的普遍进化速率(3.5％ per millionyears)，可推算出中原支系群体和东北支系群体分别在约0.070MYA和0.025MYA经历了种群扩张事件。这两个时间都处于第四纪的更新世。这暗示，黑斑侧褶蛙的群体扩张事件，可能与第四纪晚期的气候变化存在联系。但由于缺乏近缘物种的化石校正点，因此在具体的时间上，可能存在一些出入。
(4)与线粒体的分析结果一样，基于微卫星座位数据的STRUCTURE分析将群体聚为中原支系和东北支系两支。另外，发现还一个位点仅在中原支系中扩增，这再次暗示了两个支系之间遗传分化。但由于缺乏其他分子标记的证据(特别是适应性的分子标记)，两个支系是否能构成显著进化单元，仍有待于进一步的讨论。其中，东北支系的相关种群基于微卫星STRUCTURE分析又被明确地分为两组，这可能由于长白山脉的地理阻隔有关。但在线粒体方面，这两组群体并无明确分化，这可能是由于微卫星具备更高的分辨率，又或者可能与偏性扩散有关。
(5)用mantel test检测遗传分化和地理距离之间的关系发现：如果把两个支系视为一个整体，则遗传分化与地理距离之间无明显的相关性(P值分别为0.462和0.280)。这可能是主要是由于两个支系缺乏基因交流造成的。
而如果将两个支系分开考虑：中原支系无论在微卫星标记和线粒体标记上，都表现出了遗传分化与地理距离的显著正相关性(相关系数分别0.561和0.265，P值分别为0.001和0.015)。这可能是因为中原支系在古北区内主要分布于华北平原和东北平原，并不存在阻隔基因流的特殊因素，所以地理距离成了种群之间最主要的隔离因素。所以，邻近的种群之间可能依然存在一定的基因交流，这点在 STRUCTURE分析的结果中也得到了验证。而东北支系则在两套标记上都表现为相关性并不显著(P值分别为0.552和0.160)。这说明地理因素并非东北支系各种群之间产生遗传隔离的主要原因。从STRUCTURE分析的结果中可知，东北支系的种群分为两支，这两支之间有长白山脉阻隔。综上可知，至少对于黑斑侧褶蛙而言，地形因素是影响遗传格局的重要因素
(6)对从微卫星标记和线粒体标记中的所得的数据进行遗传多态性分析。发现无论是微卫星标记，还是线粒体标记，中原支系群体都比东北支系群体表现出了更高的遗传多态性。在线粒体标记方面，中原支系群体的单倍型多态性和核苷酸多态性分别为0.958和0.01268，而东北支系群体分别对应为0.859和0.00492。在微卫星标记方面，中原支系群体的有效等位基因数目、等位基因丰富度、观察杂合度分别为5.451、9.29、0.676、0.734，而东北支系群体对应为1.883、4.45、0.342、0.367。就中原支系群体而言，古北区的种群在微卫星标记和线粒体标记方面，都表现出了“南高北低”格局的遗传多样性。而在东北支系群体中，毗邻于朝鲜半岛的种群具有更高的遗传多样性。这种遗传格局可能和冰期后的种群扩散有关。
(7)通过对各地种群进行近期瓶颈效应的检测，发现存在多个种群经历了显著的的近期瓶颈效应。这些近期经历了瓶颈效应的种群，并不连成区域，邻近的种群常表现不同情况。而且近期经历了瓶颈效应的种群，从南到北都有零散分布。这暗示，黑斑侧褶蛙种群衰退的主因可能并非是流行性疾病或全球气候变化，而是人为捕杀或生境破坏。因为由疾病或气候变化引起来的两栖类种群衰退，通常表现为区域性种群全面衰退。而这个结果也与宏观调查的结论相符合。