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茶树种质资源的遗传多样性分析及亲缘关系鉴定是茶树资源利用、保护和品种鉴定的科学依据，具有重要研究价值和意义。针对目前国内外对大理茶的遗传多样性研究甚少的状况，利用分子标记技术对大理茶进行遗传多样性分析，以揭示大理茶的遗传多样性水平及其遗传分化，进而为大理茶的保护策略和综合利用提供理论依据，是十分迫切和重要的；另外，探索利用分子标记鉴定云南古茶园农家种的亲缘关系，理清各农家种之间的遗传背景，分析分子标记在茶树亲缘关系鉴定中的有效性，为茶树品种分类提供分子依据。
本研究建立了茶树毛细管电泳-AFLP技术体系，并采用该技术体系对仅在云南南部及周边地区分布的茶树近缘植物大理茶11个居群的遗传多样性进行了研究；另外，对云南临沧白莺山古茶园的3个茶树疑似品种进行RAPD鉴定。主要结果如下：
1、改进和优化了茶树基因组DNA提取方法；采用CEQ8000型遗传分析仪、荧光素标记结合毛细管电泳，优化了茶树毛细管电泳-AFLP技术体系，为高效利用AFLP进行茶树遗传多样性研究奠定了基础。
2、筛选出2对AFLP引物，对11个大理茶居群总计204个个体进行了扩增，共扩增出618条条带，其中多态性条带为618条。分析表明，大理茶总的遗传多样性较高。在物种水平上，多态位点百分率P=100％，He=0.0986，Ho=0.1779；但在居群水平上，遗传多样性水平较低，P=41.25％，He=0.0827，Ho=0.1367。
3、大理茶居群间的遗传分化较低。基于Neis遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数Gst=0.1606；Shannons居群分化系数为16.04％。AMOVA分析显示：大理茶的遗传变异主要存在于居群内，占总变异的80.97％，地区、居群间的遗传变异占19.03％。
4、大理茶两两居群间的Neis遗传一致度(I)的范围为0.971～0.997。经Mantel检测各居群间，遗传距离和地理距离之间未发现显著相关(r==0.1127，P<0.001)。大理茶的遗传变异主要存在于居群内，而居群间的遗传分化较低。人类活动的干扰和生境的片断化，导致居群水平上的遗传多样性降低。建议对遗传多样性丰富的居群采取重点保护的措施。
5、利用RAPD标记对云南临沧白莺山的3个茶树疑似品种的亲缘关系鉴定中，由形态学及当地茶农口述初步判断：3个疑似种可能是本山茶(大理茶)和勐库茶(阿萨姆茶)的自然杂交后代。RAPD实验结果发现：筛选出的19个RAPD引物在疑似双亲本山茶和勐库茶中，分别能扩增出28和20条各自的特异条带。通过特异条带在疑似杂交后代的表现数量、表现率及聚类树状图两方面的分析推测：二嘎子茶可能是本山茶和勐库茶的自然杂交后代的多代繁衍产物；白芽子茶、黑条子茶可能是本山茶与勐库茶自然杂交后，再与本山茶回交的后代。
本研究结果在一定程度上揭示了大理茶自然居群在种、居群水平上的遗传多样性及遗传分化，为大理茶的保护生物学研究提供了遗传变异水平及遗传结构等遗传学信息，并为大理茶资源的合理利用和品种选育等研究奠定了基础；另外，对茶树农家种的亲缘关系鉴定研究，及可能的遗传关系做了科学推测，基本上理清了它们的亲缘关系，为分子标记技术在茶树亲缘关系鉴定上的利用做了有益的探索。