本研究以耐盐性低的水稻地方品种R6作为实验对象.以1％NaCl胁迫为对照，诱抗剂HI诱导处理后再经1％NaCl胁迫30h的R6水稻根的总RNA，经过荧光标记后反转录成cDNA，与含有代表水稻功能基因的6万点寡核苷酸序列的基因芯片杂交，通过激光共聚焦显微镜扫描后获得分子生物学信息，并进行数据分析.对于ratio大于2和小于0.5的基因片段通过BLAST工具中的BLASTn搜索NCBI上的nr数据库，并对筛选出的差异表达基因进行初步的生物信息学分析，将其按照功能进行大致归类.根据同源性分析芯片上的寡核苷酸序列，结合PCR引物设计的原则，设计相对应的特异引物对不同品种、不同单株进行了检测.杂交芯片的结果是共有517个差异表达基因，其中78个是未知基因，257个可以找到cDNA序列，上调表达的基因有212个，下调表达的基因有305个.经过生物信息学初步分析，发现上调表达基因中，与渗透调节物质合成相关基因有11个，逆境和抗病相关基因有26个，转录调控相关基因有17个，信号转导相关基因有18个，其他基因有140个，其中包含36个未知蛋白基因;下调表达的基因中，与逆境和抗病相关基因有9个，转录调控相关基因有23个，信号转志相关基因有30个，其他基因有243个，其中包含52个未知蛋白基因.可见与各种胁迫相关的基因大多数呈现上调，这些基因大多是在生物与非生物胁迫条件下表达的，包括病原菌诱导、干旱、热、盐等，说明R6经过诱抗剂处理后，整体抗性得到一定的提高.根据寡核昔酸芯片分析结果设计了16对特异引物对不同水稻品种及R6原始品种的不同单株进行检测.结果发现品种间存在一定差异，R6原始品种单株间存在较大差异，而经过诱抗剂处理后能在1％盐胁迫下完成整个生育期的R6单株后代则都能够扩增出特异条带.运用基因芯片技术，选取耐盐性低的水稻地方品种R6为实验材料，筛选出盐胁迫下诱抗剂诱导水稻差异表达基因片段，通过对序列结果进行生物信息学分析，初步建立了诱抗剂诱导水稻幼苗期耐盐性差异基因的表达谱，并根据PCR检测结果，初步构建了诱抗剂诱导水稻幼苗期耐盐性基因缺失突变体库.