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【目的】应用扩增阻滞突变系统法(ARMS法)和免疫组化（IHC）法，分别从基因水平和蛋白质水平观察EML4-ALK融合基因和ALK蛋白在非小细胞肺癌（NSCLC）标本中的表达，分析EML4-ALK基因融合非小细胞肺癌的临床病理特征，并比较ARMS法和IHC法检测EML4-ALK融合基因的一致性。【方法】1.第一部分：采用EliVisionTM plus IHC染色方法检测280例NSCLC标本ALK蛋白表达情况，分析其与临床病理指标的相关性。2.第二部分：采用ARMS法检测第一部分标本中ALK蛋白阳性病例及随机选取的部分阴性病例的EML4-ALK融合基因表达情况，分析其与临床病理指标的相关性，以及与ALK蛋白表达的一致性。【结果】1.280例非小细胞肺癌中44例（15.7%）ALK蛋白阳性，ALK蛋白表达与年龄、性别、吸烟史、临床分期和肿瘤组织学类型具有相关性（P＜0.05），而与肿瘤大小无相关性（P＞0.05）。2.90例进行ALK融合基因检测的NSCLC中29例（32.2%）存在EML4-ALK基因融合，其中25例（86.2%）为E6;A20、E13;A20、E20;A20位点融合，1例（3.4%）为E2;A20、E3;A20、E17;A20、E18;A20位点融合，3例（10.4%）为E6;A20、E13;A20、E20;A20和E2;A20、E3;A20、E17;A20、E18;A20双位点融合。EML4-ALK融合非小细胞肺癌与年龄、吸烟史、肿瘤组织学类型和亚型以及EGFR突变状态具有相关性（P＜0.05），而与性别、肿瘤大小、临床分期无相关性（P＞0.05）。3. ALK蛋白阳性标本中，65.9%（29/44）出现EML4-ALK融合基因表达，其中IHC3+（21/90）病例，EML4-ALK融合基因阳性率100%，IHC检测EML4-ALK融合基因的敏感性和特异性分别为100%和78.9%；90例进行EML4-ALK融合基因检测标本中，44例（48.9%）为手术标本，46例（51.1%）为穿刺活检标本，手术标本中，IHC3+、2+、1+与PCR的符合率分别为100%、57.1%和0%，穿刺标本中，IHC3+、2+、1+与PCR的符合率分别为100%、100%和20%，IHC在手术标本和穿刺活检标本中检测EML4-ALK融合基因的敏感性和特异性分别为100%、72.2%和100%、80%。【结论】EML4-ALK基因融合NSCLC作为一种独特的肺癌亚型，具有一定的临床病理特征，如常见于年轻、无/少吸烟腺癌患者。EML4-ALK融合方式具有多样性和复杂性,因此在临床分子检测中应全面关注EML4-ALK的融合变异体，以提高检出率。ALK D5F3单抗用于ALK融合基因的IHC检测敏感性高，特异性稍低。EML4-ALK融合基因和ALK蛋白表达具有较高一致性。在穿刺活检标本和手术标本中采用IHC检测ALK蛋白水平反映ALK融合基因情况均具有高准确性。IHC检测ALK蛋白可以作为评估EML4-ALK融合基因的一个简单，准确和低廉的检测方法。