我国现在正进行排污收费制度改革和排污权交易试点。立即以排污权交易机制来取代目前我国最为广泛实行的排污收费制度既不必要也不可取，但是必须在两者中选择一个作为达到环保目标的主要手段。排污收费可以认为是排污权交易的一种特殊形式,排污权交易与排污收费制度的整合,实际上是一个特殊化向一般化过渡的过程,也就是很多严格的条件限制被打破的过程.这个变化的过程实际上包括两个双向的过程,一个是排污权交易制度由高向低的去替代排污收费制度，一种是排污收费制度由低到高的过渡到排污权交易制度。从排污权收费制度过渡到排污权交易制度需要考虑的问题包括交易系统的最高排放上限，交易项目所覆盖的空间和时间范围，排污权配额初始分配方法以及排污权交易的时机与监测等问题。在排污权交易中，还可以考虑引入期权机制作为过渡时期排污权初始分配的一种尝试。在对排污收费与排污权交易以及二者并存进行了经济分析之后，不难发现可以以排污收费制度来加强排污权交易制度，包括排污收费作为排污权交易的第二层罚款，对排污权交易不能覆盖的污染源的补充管理工具和作为局部地区环境控制的工具。排污收费制度还可以作为过渡时期的经济调控工具和维系排污权交易正常进行的调控工具。